Il serait dommage de ne pas parler de la faune : en dépit de conditions extrêmes, elle est étonnamment riche et bien visible. Guanacos et Vigognes se rencontrent dans la steppe sèche (Puna), le Lézard de Fabian vit sur le Salar d'Atacama, la Viscache dans les zones rocheuses, les Oiseaux dans les zones humides (Lacs, Lagunes, Bofedales). Le Lama (descendant du Guanaco) et l'Alpaca (descendant de la Vigogne) ne sont connus qu'à l'état domestique.

Guanaco (Lama guanicoe)	Vigogne (Vicugna vicugna)
Lama (Lama glama)                                                                                    Alpaca (Vicugna pacos)
Viscache (Lagidium viscacia)	Renard de Magellan (Lycalopex culpaeus)
Lézard de Fabian (Liolaemus fabiani)

Flamant des Andes (Phenicopterus andinus)	Flamant du Chili (Phenicopterus chilensis)	Flamant de James (Phenicopterus jamesii)

Oie des Andes (Chloephaga melanoptera)	Sarcelle de la Puna (Anas puna)	Canard huppé (Lophonetta specularioides)	Foulque géante (Fulica gigantea)
Mouette des Andes (Chroicocephalus serranus)    Avocette des Andes (Recurvirostra andina)           Phrygile à tête noire (Phrygilus atriceps)